Theo năm tháng, xích mích giữa người Cossack và chính phủ Sa hoàng Nga đã giảm bớt, và các đặc quyền đã được trao đổi để giảm bớt quyền tự trị của người Cossack. Những người Cossack Ukraina không đứng về phía Mazepa đã bầu ra Hetman Ivan Skoropadsky, một trong những polkovnik "chống Mazepa". Trong khi ủng hộ việc bảo vệ quyền tự trị của Quốc gia hetman và các đặc quyền của starshina, Skoropadsky cẩn thận tránh đối đầu công khai và vẫn trung thành trong liên minh với Nga. Để đáp ứng nhu cầu quân sự của Nga, Skoropadsky cho phép mười trung đoàn của Nga đóng quân trên lãnh thổ của Quốc gia hetman. Đồng thời, người Cossack tham gia vào các dự án xây dựng, củng cố và phát triển kênh tại Saint Petersburg, là một phần trong nỗ lực của Pyotr Đại đế nhằm thành lập thủ đô mới của Nga. Nhiều người đã không quay trở lại, và người ta thường nói rằng St. Peterburg "được xây dựng trên xương".[25]

Năm 1734, khi Nga đang chuẩn bị cho một cuộc chiến mới chống lại Đế quốc Ottoman, một thỏa thuận đã được thực hiện giữa Nga và người Cossack Zaporozhia là Hiệp định Lubny. Người Cossack Zaporozhia giành lại tất cả các vùng đất, đặc quyền, luật pháp và tục lệ trước đây của họ để đổi lấy việc phục vụ dưới quyền chỉ huy của Quân đội Nga đóng tại Kiev. Một sich mới (Nova Sich) được xây dựng để thay thế cái đã bị Pyotr Đại đế phá hủy. Lo ngại về khả năng Nga can thiệp vào công việc nội bộ của Zaporozhia, người Cossack bắt đầu cho những người nông dân Ukraina chạy trốn khỏi chế độ nông nô tại Ba Lan và Nga định cư trên vùng đất của mình. Đến năm 1762, 33.700 người Cossack và hơn 150.000 nông dân cư trú tại Zaporozhia.[6][24]

Vào cuối thế kỷ 18, phần lớn tầng lớp sĩ quan Cossack tại Ukraina được sáp nhập vào giới quý tộc Nga, nhưng người Cossack bình thường, bao gồm một phần đáng kể người Zaporozhia cũ, đã bị hạ xuống địa vị nông dân. Họ có thể duy trì quyền tự do của mình và tiếp tục cung cấp nơi ẩn náu cho những người chạy trốn khỏi chế độ nông nô tại Nga và Ba Lan, bao gồm cả những người theo thủ lĩnh nổi dậy Cossack Nga Yemelyan Pugachev, điều này làm dấy lên sự tức giận của Nữ hoàng Nga Yekaterina II. Kết quả là đến năm 1775, số lượng nông nô bỏ trốn từ Quốc gia hetman và phần Ukraina do Ba Lan cai trị đến Zaporozhia đã tăng lên 100.000 người.

Hiệp định Küçük Kaynarca (1774) sáp nhập Hãn quốc Krym vào Nga, vì vậy nhu cầu phòng thủ biên giới xa về phía nam (mà người Zaporozhia đã thực hiện) không còn nữa. Quá trình thuộc địa hóa Novorossiya bắt đầu; một trong những thuộc địa nằm ngay cạnh vùng đất của Sich Zaporozhian là Tân Serbia. Điều này làm leo thang xung đột về quyền sở hữu đất đai với người Cossack,[22][26] thường biến thành bạo lực.